Als das vom Raikage nach Konohagakure geschickte Team aus Kumogakure, bestehend aus Omoi, Karui und Samui, Tsunade die Nachricht überbringen sollen, dass ein Treffen der fünf Kage einberufen wird, taucht Danzō auf und lässt die anderen wissen, dass Tsunade nicht länger Hokage sei, sondern er es nun ist. Kurz darauf beschließt Danzō, welcher über den Befehl des Uchiha-Massakers Bescheid weiß und deshalb Sasuke als eine Bedrohung ansieht, Sasuke Uchiha als Nukenin einzustufen.
Des Weiteren versucht er Kabuto ausfindig zu machen, um an Informationen über Orochimarus Experimente gelangen, so dass er seinen rechten Arm behandeln und wieder benutzen kann.

Darüber hinaus will Danzō aus einem noch unbekannten Grund Naruto fangen, um an den Kyūbi zu kommen.

Auf dem Weg zurück ins Dorf wird die Gruppe von Tobi überrascht. Sie nehmen unmittelbar den Kampf auf, wobei Danzō eine mechanische Vorrichtung an seinem rechten Arm offenbart und meint, dass er ein Siegel lösen will.

Seine Leibwächter geben ihm Deckung, während er die Schrauben lockert. Tobi schafft es, Fū und Torune in und Sasuke aus einer anderen Dimension zu teleportieren, so dass sich Sasuke und Danzō gegenüberstehen. Danzō meint, er würde seine Kollektion nun vergrößern können und enthüllt seinen rechten Arm, der mit Sharingan besetzt ist.
 

Danzōs rechter Arm

Sasuke nimmt den Kampf voller Wut auf und es scheint, als sei ihm Danzō unterlegen. Doch jedes Mal, wenn Danzō einer mächtigen Technik von Sasukes Sharingan unterliegt, erscheint er erneut unverwundet. Nachdem Karin und Tobi seine Technik analysiert haben, kommen sie zu dem Entschluss, dass es Izanagi ist. Da Sasuke immer müder wird und Danzō nicht mehr viele Augen bleiben, versuchen beide, den Kampf so schnell, wie möglich zu beenden. Als Danzō nur noch ein Auge bleibt und Sasuke am Ende seiner Kräfte angelangt ist, stürmen beide aufeinander zu und durchbohren sich mit elementaren Klingen. Danzō kann jedoch Izanagi nicht anwenden, da das letzte Sharingan nur eine Illusion Sasukes gewesen ist. Karin heilt Sasuke, während der Hokage die Kontrolle über das Chakra des Ersten Hokages verliert. Dadurch bildet sich aus seinem rechten Arm, der sich vom Rest des Körpers löst, ein Baum. Nun sieht Danzō keine Alternative und nimmt Karin als Geisel. Sasuke beschließt jedoch, Karin zu opfern und durchbohrt beide mit Chidori Eisō. Schwer verwundet bewegt sich Danzō weg, worauf Tobi ihn aufhält, da er Shisuis Sharingan will. Danzō aktiviert ein Siegel auf seiner Brust, welches ihn und alle die in seiner Nähe sind, umbringt. Jedoch schlägt sein Plan fehl, da Sasuke und Tobi ausweichen können.